Lietuviškai skaityti išmoko namuose.
1897 m. baigė Igliškėlių pradžios mokyklą.
1905 m. baigė Veiverių mokytojų seminariją, iki 1908 m. mokytojavo (iki 1907 m. Lomžos gubernijoje, 1907-1908 m. Papilėje).
1905-1908 m. už tautinę lietuvišką veiklą du kartus suimtas, atleistas iš darbo.
1913 m. baigė Seinų kunigų seminariją.
1914 m. įšventintas kunigu.
1917 m. baigė Petrogrado dvasinę akademiją.
1917-1918 m. Voronežo lietuvių berniukų gimnazijos kapelionas, ateitininkų sąjūdžio Rusijoje veikėjas.
1917 m. su kitais Rusijoje įkūrė Lietuvių krikščionių demokratų partiją, jos pirmininkas (1917-1918 m.).
1918 m. pradžioje dėl lietuvių kareivių telkimo bolševikų už akių nuteistas mirti, slapta parvyko į Lietuvą.
Iki 1919 m. dirbo Lietuvos Taryboje, vėliau – Vidaus reikalų ministerijoje, Žemės ūkio ministerijoje žemės reformos komisijos sekretoriumi.
1919-1923 m., 1926-1927 m. Lietuvos krikščionių demokratų partijos centro komiteto, 1946-1950 m. partijos pirmininkas.
1920-1922 m. Steigiamojo Seimo, 1920-1921 m. Mažojo Seimo, 1922-1927 m. I, II, III Seimų atstovas.
1922 m. su kitais parengė radikalios žemės reformos įstatymą (žemės reformos) ir 1923-1926 m. būdamas keturių vyriausybių žemės ūkio ministru jį vykdė. Prisidėjo prie Gruodžio septynioliktosios perversmo valdžios įteisinimo, naujos vyriausybės (joje buvo ir Lietuvos krikščionių demokratų partijos atstovų) sudarymo, buvo Seimo pirmasis vicepirmininkas (1926-1927 m.). Nuo 1927 m. vidurio opozicijoje tautininkams; dėl to jo politinė veikla buvo varžoma.
1927-1929 m. studijavo Lille ir Tulūzos (Prancūzija) katalikų universitetuose.
1930-1931 m. vikaras Garliavoje
1931-1933 m. Vilkaviškio kunigų seminarijos profesorius.
1933-1935 m. Veiverių, 1935-1942 m. – Kalvarijos parapijos klebonas.
SSRS okupavus Lietuvą 1940 m. viduryje parengė Katalikų Bažnyčios lojalumo sovietų valdžiai memorandumą – siekė apsaugoti Bažnyčią nuo persekiojimo, gynė tikinčiųjų teises.
1942 m. su K. Griniumi ir J. P. Aleksa pasirašė Memorandumą vokiečių generaliniam komisarui Kaune, kuriame protestavo prieš Lietuvos kolonizavimą, Lietuvos piliečių (taip pat ir žydų, rusų, lenkų) masinį iškeldinimą.
1942 m. gestapo suimtas, kalintas, 1943 m. internuotas Regensburge; 1945 m. Sąjungininkų išvaduotas.
1945-1955 m. Vyriausiojo Lietuvos išlaisvinimo komiteto pirmininkas, nuo 1963 m. – garbės pirmininkas.
1948 m. pakeltas Romos prelatu.
1950 m. išrinktas Pasaulio lietuvių krikščionių demokratų sąjungos pirmininku (iki gyvos galvos).
Nuo 1957 m. gyveno Jungtinėse Amerikos Valstijose.
Nuo 1905 m. bendradarbiavo spaudoje, redagavo laikraščius „Ateities spinduliai“ (1917-1918 m), „Laisvoji Lietuva“ (1918-1919 m.), žurnalą Krikščionis demokratas (1927-1929 m.).
Parašė veikalų religijos, kultūros, politikos, žemės reformos temomis.
Svarbiausi kūriniai: „Kunigas dvidešimtojo amžiaus visuomenėje“ (1920 m.), „Kova už žemę ir laisvę“ (1920 m.), „Jonas Basanavičius“ (1927 m.), „Kova už žemę ir ūkininką“ (1928 m.), „Civilinė santuoka“ (1933 m.), „Krikščioniškoji demokratija“ (1948 m.), „Lietuviškoji išeivija“ (1959 m.), „Dievo ir žmogaus tarnyboje“ (1961 m.), „Atsiminimai“ (1972 m.).
Iš lenkų kalbos išvertė religinės literatūros kūrinių.
Vyčio Kryžiaus ordino Didysis kryžius (2006 m.)
Lietuvos paštas išleidęs pašto ženklus su Mykolu Krupavičiumi (2010 m. ir 2022 m.)
Balbieriškyje yra Mykolo Krupavičiaus vardo alėja.
Mykolo Krupavičiaus vardo gatvė yra: Vilniuje, Kaune, Marijampolėje, Vilkaviškyje, Balbieriškyje, Igliškėliuose.
Prelato Mykolo Krupavičiaus paminklas pastatytas Šv. Kazimiero lietuvių kapinėse Čikagoje.
1. https://www.vle.lt/straipsnis/mykolas-krupavicius
2. Benjaminas Kaluškevičius, Kazys Misius. Lietuvos knygnešiai ir daraktoriai 1864-1904. Vilnius: Diemedžio leidykla, 2004, p. 243
3. https://www.lnb.lt/naujienos/933-isejo-2-asis-zurnalo-tarp-knygu-numeris?cookie_d2ac07f812b3fc3ddbc9b9d2d089694a=accepted
4. https://www.vilnijosvartai.lt/personalijos/mykolas-krupavicius
5. https://geraprienuose.lt/naujienos/100-iskiliausiu-prienu-krasto-asmenybiu-mykolas-krupavicius
6. Juozas Kudirka. Veiverių mokytojų seminarija (1866-1918), Vilnius, 1970, p. 73
7. Fotografijos originalas saugomas Adomo Miliausko kolekcijoje
