1911 m. baigė Veiverių mokytojų seminariją.
1913 m. įstojo į Lietuvių mokslo draugiją.
1914-1940 m. periodinėje spaudoje rašė daugiausia literatūros ir lietuvių kalbos klausimais.
Iki 1915 m. mokytojavo.
1916-1917 m. studijavo Maskvos universiteto Istorijos ir filologijos fakultete.
1919-1933 m. dalyvavo Lietuvos mokytojų profesinės sąjungos veikloje.
1920-1940 m. mokytojavo.
1929 m. baigė Lietuvos universitetą (literatūrą ir lietuvių kalbą).
1933 m. su kitais įkūrė pedagoginę draugiją „Naujoji mokykla“, jos žurnalo „Mokykla ir visuomenė“ vienas iniciatorių ir darbuotojų. Priklausė eserams, Lietuvos valstiečių liaudininkų sąjungai, Lietuvos socialdemokratų partijai (iki 1933 m.).
1939-1940 m. Kauno 5 gimnazijos direktorius.
1940 m. SSRS okupavus Lietuvą, iki 1941 m. buvo LSSR švietimo liaudies komisaro pavaduotojas.
1941-1943 m. dirbo Penzoje, Maskvoje.
1943-1946 m. LSSR švietimo liaudies komisaras
1946-1948 m. švietimo ministras.
1947 m. įstojo į SSKP.
1944-1969 m. dėstė Vilniaus universitete, 1944-1949 m. ir 1965-1969 m. LSSR istorijos, 1949-1960 m. SSRS istorijos katedros vedėjas; profesorius (1945 m.).
1946-1966 m. Lietuvos mokslų akademijos viceprezidentas, 1948-1970 m. šios akademijos Istorijos instituto direktorius.
1949-1964 m. Lietuvos komunistų partijos Centro komiteto narys.
1946-1950 m. SSRS Aukščiausiosios Tarybos, 1947-1971 m. LSSR Aukščiausiosios Tarybos deputatas. Rėmė sovietinį okupacinį režimą Lietuvoje, buvo jo vienas ideologų.
1958-1973 m. SSRS–Lenkijos draugystės draugijos Lietuvos skyriaus prezidiumo.
1961-1970 m. Lietuvių kalbos komisijos pirmininkas.
Parašė studiją „Žemaitės kūryba“ (1935 m.).
Tarptautinių žodžių žodyno (1936 m.) redaktorius.
Parengė J. Biliūno Raštus (1937 m.), lietuvių kalbos gramatikos vadovėlių.
Remdamasis sovietine ideologija (marksizmas‑leninizmas) parašė veikalų: „Lietuvos kaimo darbo žmonių kova dėl žemės buržuazijos viešpatavimo metais“ (1952 m.), „Lietuvių karas su kryžiuočiais“ (1954 m.), „Lietuvos TSR istorijos šaltiniai“ (4 tomai, 1955-1965 m.), „Lietuvos TSR istorija“ (3 tomai, 1957-1965 m.), „Katalikų bažnyčios ekspansija į Pabaltijį ir Rytų Europą“ (1962 m.), „Lietuvių ir rusų tautų santykiai istorinio vystymosi eigoje“ (1964 m.), „Antanas Mackevičius: 1863-1864 metų sukilimo reikšmė lietuvių tautos istorijoje“ (1971 m.), „Vilniaus miesto istorija nuo Spalio revoliucijos iki dabartinių dienų“ (1972 m.).
1958 m. LTSR valstybinė premija.
Apdovanotas 5 ordinais (iš jų du Lenino).
1. Juozas Kudirka. Veiverių mokytojų seminarija (1866-1918), Vilnius, 1970, p. 80
2. https://www.vle.lt/straipsnis/juozas-ziugzda
3. https://www.anykstenai.lt/?pg=naujienos2&nj=523&arch=1
4. https://www.bernardinai.lt/2009-01-19-laisves-kryzkeles-kaip-sovietmeciu-buvo-prievartaujama-lietuvos-istorija
5. https://www.lma.lt/uploads/Biogramos/Ziugzda_J_red..pdf
6. https://www.geni.com/people/Juozas-%C5%BDiug%C5%BEda/6000000031846478330
7. Fotografijos originalas saugomas Adomo Miliausko kolekcijoje